A Duna áradása és az árvízi védekezési munkálatok miatt Komárom-Esztergom és Pest vármegyében több útszakaszt lezártak, ami jelentős közlekedési korlátozásokat eredményez. Komárom-Esztergom vármegyében a 11-es főutat teljes szélességében lezárták Visegrád és Dömös között a 45-ös és a 48-as kilométerek között, valamint Esztergom nyugati határában a 68-as és a 72-es kilométerek között, ahol ideiglenes gátat építenek. Ebben a térségben a forgalom a 111-es főút felé terelődik. Pilismarót térségében szintén árvízvédelmi munkálatokat végeznek, itt az 53-as és 54-es kilométerek között csak az út egyik oldala járható. Emellett az Esztergom és az országhatár közötti út, valamint a Mária Valéria híd közelében az 11326-os számú út szintén lezárásra került. A Dunaalmásnál található hajóállomáshoz és a vasútállomáshoz vezető bekötőutak szintén nem használhatók, ahogyan a Neszmélyi komphoz, illetve a párkányi, szobi és pilismaróti komphoz vezető utak is zárva vannak. Az árvízi helyzet miatt több dunai kompjárat is szünetel, de a váci komp szeptember 19-én, csütörtök estig még közlekedik.

Pilisi Parkerdő az árvíz miatt megnyitja az erdészeti útjait a közutaktól elzárt települések irányába, így megközelíthető lesz Dömös és Pilismarót is. A 2013-as nagy árvíz tapasztalatai alapján így a Pilismarótot a Két-Bükkfa-nyereggel (Esztergom-Dobogókő- Pilisszentkereszt elágazás) összekötő erdészeti úton a kerékpárosbarát sorompókat kinyitják, valamint irányjelző táblákat helyeznek ki a vészhelyzetben szolgálatot teljesítő járművek számára. A várható forgalomnövekedés miatt az erdőgazdaság arra kéri a gyalogos/kerékpáros erdőlátogatókat, hogy a veszélyhelyzet idején kerüljék el az útszakaszt. Az erdészeti utakon gépjárművel közlekedhetnek a forgalmi korlátozással érintett települések lakosai, a települések munkavállalói, az árvízvédelmi munkálatokban feladatot teljesítők, és a települések ellátásában részt vevők.

Pest vármegyében elsősorban a Duna menti kerékpárutak és a kompkikötőkhöz vezető utak kerültek lezárásra. Zárva van a Vác és Sződliget közötti kerékpárút (1-es és 5-ös kilométerek között), a Budapest és Szentendre közötti EV6 kerékpárút (2-es és 3-as kilométerek között), valamint a Megyeri híd alatti kerékpárút is. A Dunakeszi-Horányi komp útvonala szintén nem járható, ahogyan a Szentendre-Szigetmonostori révhez, a Szigetmonostor-Határcsárdai komphoz, a Leányfalu-Pócsmegyeri komphoz, valamint a Dunabogdányi hajóállomáshoz vezető utak sem. Továbbá Ipolydamásd és az országhatár közötti út egy 500 méteres szakaszon le van zárva árvízvédelmi munkálatok miatt, így a Helemba határátkelő nem használható, és az ottani kerékpárút (97821-es jelű út) sem járható.